Génomique Fonctionnelle et Structurale

Responsable scientifique : Dr Martin Figeac

Responsable technique : Dr Martin Figeac

Coordonnées

martin.figeac@inserm.fr
03 20 16 92 20
IRCL, 1 place de Verdun, 59045 Lille cedex

Matériel disponible, application, prestation

Personnel : Meyling Cheok, Christophe Roumier, Olivier Nibourel, Shéhérazade Sebda, Céline Villenet, Sandrine Geffroy, Pauline Peyrouze, Julien Soula, Christophe Demay et Frédéric Leprêtre.

Localisée à l'Institut pour la Recherche sur le Cancer de Lille, la plate-forme de génomique fonctionnelle et structurale est une structure dédiée à l'analyse génomique. C’est un service commun de l'université de Lille 2, IMPRT IFR-114, ouvert à l'ensemble des services de recherche fondamentale et appliquée, qu'ils soient académiques (Universités, CHRU, INSERM, CNRS) ou privés. La plate-forme de génomique est d’autre part labellisée IBiSA (Infrastructures en Biologie, Santé et Agronomie) au travers du réseau LIGAN (Lille Integrated Genomics Advanced Network). Les analyses génomiques ont pour but de détecter et de quantifier sur des biopuces ou par séquençage haut débit la présence de nombreuses séquences d'ADN ou d'ARN et leurs variations, à l'échelle d'un génome ou dans une région ciblée.

Le service commun se compose de cinq plateaux complémentaires correspondant aux différentes approches génomiques. Les deux premiers plateaux correspondent aux technologies de micro-arrays les plus utilisées dans le monde : la technologie Agilent et la technologie Affymetrix. Le troisième et quatrième plateau technologique utilise le séquençage haut débit d'Applied Biosystems (SOLiD4) et de LifeTechnology (PGM ino-torrent), dits de nouvelle génération, pour proposer des approches génomique avec une couverture et une précision inégalée. Finalement, le cinquième plateau, transversal, permet l'analyse biostatistique et bioinformatique des données générées.

Les projets suivis par la plate-forme concernent en majorité les pathologies humaines: cancer (génomique structurale et fonctionnelle, diagnostic, pronostic et réponse aux traitements des leucémies et tumeurs solides) et les pathologies constitutionnelles (génomique structurale et fonctionnelle, diagnostic et prédisposition pour le retard mental, l'autisme, Parkinson, anomalies des membres, alzheimer..).

Prestations proposées

  • Plateau micro-array Agilent :
    • CGH array haute résolution.
    • Gene Expression Profiling (transcriptome, miRNA).
    • ChIP on chip (promoteurs, méthylome, ..).

  • Plateau micro-array Affymetrix :
    • SNP.6 (génotypage, LOH, Copy Number, ..).
    • Gene Expression Profiling (transcriptome).

  • Plateau Séquençage Haut Débit
    (NGS SoliD4, PGM ion-torrent et Proton) :
    • RNA-seq (séquençage du transcriptome complet) : analyse qualitative (SNP, junctions exons-exons, fusions de gènes, nouveaux transcrits) et quantitative.
    • Target-seq (all exome et reséquençage ciblé) : analyse qualitative de régions d'ADN génomique (SNP, indel, inversion).
    • ChIP-seq : étude de l'immunoprécipitation de la chromatine.
    • Méthyl-seq : étude de la méthylation de l'ADN génomique.
  • Plateau bioinformatique :
    • Analyse des CNVs (Copy Number Variation) avec logiciels commerciaux (DNA Analytics, Partek, GCOS) et logiciels développés par la plate-forme (WACA, clustering, classification supervisée).
    • Analyse de l'expression avec logiciels commerciaux (GeneSpring, GeneMath, Bioscope) et logiciels developpés par la communauté (Tophat, Cufflinks).
    • Analyse fonctionnelle avec des logiciels commerciaux (Ingenuity Pathway Analysis, GeneSpring).
    • Analyse des données de séquençage sur cluster de calcul de 80 processeurs.
    • Développement à façon de méthodes d'analyse.
    • Développement à façon de design de capture à façon pour le reséquençage (un gène, un groupe de gènes, une région…).
    • Analyses à façon (primers, design expérimental, bases de données, publication des données GEO…).

 

Publications

Translation initiator EIF4G1 mutations in familial Parkinson disease.
Chartier-Harlin MC, Dachsel JC, Vilariño-Güell C, Lincoln SJ, Leprêtre F, Hulihan MM, Kachergus J, Milnerwood AJ, Tapia L, Song MS, Le Rhun E, Mutez E, Larvor L, Duflot A, Vanbesien-Mailliot C, Kreisler A, Ross OA, Nishioka K, Soto-Ortolaza AI, Cobb SA, Melrose HL, Behrouz B, Keeling BH, Bacon JA, Hentati E, Williams L, Yanagiya A, Sonenberg N, Lockhart PJ, Zubair AC, Uitti RJ, Aasly JO, Krygowska-Wajs A, Opala G, Wszolek ZK, Frigerio R, Maraganore DM, Gosal D, Lynch T, Hutchinson M, Bentivoglio AR, Valente EM, Nichols WC, Pankratz N, Foroud T, Gibson RA, Hentati F, Dickson DW, Destée A, Farrer MJ. Am J Hum Genet. 2011 Sep 9;89(3):398-406. doi: 10.1016/j.

Repression of the RHOH gene by JunD.
Delestré L, Berthon C, Quesnel B, Figeac M, Kerckaert JP, Galiègue-Zouitina S, Shelley CS.
Biochem J. 2011 Jul 1;437(1):75-88.


Molecular characterization of 9p21 deletions shows a minimal common deleted region removing CDKN2A exon 1 and CDKN2B exon 2 in diffuse large B-cell lymphomas.
Guney S, Bertrand P, Jardin F, Ruminy P, Kerckaert JP, Tilly H, Bastard C.
Genes Chromosomes Cancer. 2011 Sep;50(9):715-25. doi: 10.1002/gcc.20893.


Beneficial effects of exercise in a transgenic mouse model of Alzheimer's disease-like Tau pathology.
Belarbi K, Burnouf S, Fernandez-Gomez FJ, Laurent C, Lestavel S, Figeac M, Sultan A, Troquier L, Leboucher A, Caillierez R, Grosjean ME, Demeyer D, Obriot H, Brion I, Barbot B, Galas MC, Staels B, Humez S, Sergeant N, Schraen-Maschke S, Muhr-Tailleux A, Hamdane M, Buée L, Blum D.
Neurobiol Dis. 2011 Aug;43(2):486-94.


SNCA locus duplication carriers: from genetics to Parkinson disease phenotypes.
Mutez E, Leprêtre F, Le Rhun E, Larvor L, Duflot A, Mouroux V, Kerckaert JP, Figeac M, Dujardin K, Destée A, Chartier-Harlin MC. Hum Mutat. 2011 Apr;32(4):E2079-90. doi: 10.1002/humu.21459.

Transcriptional profile of Parkinson blood mononuclear cells with LRRK2 mutation.
Mutez E, Larvor L, Leprêtre F, Mouroux V, Hamalek D, Kerckaert JP, Pérez-Tur J, Waucquier N, Vanbesien-Mailliot C, Duflot A, Devos D, Defebvre L, Kreisler A, Frigard B, Destée A, Chartier-Harlin MC.
Neurobiol Aging. 2011 Oct;32(10):1839-48.


Autocrine induction of invasive and metastatic phenotypes by the MIF-CXCR4 axis in drug-resistant human colon cancer cells.
Dessein AF, Stechly L, Jonckheere N, Dumont P, Monté D, Leteurtre E, Truant S, Pruvot FR, Figeac M, Hebbar M, Lecellier CH, Lesuffleur T, Dessein R, Grard G, Dejonghe MJ, de Launoit Y, Furuichi Y, Prévost G, Porchet N, Gespach C, Huet G.
Cancer Res. 2010 Jun 1;70(11):4644-54.


Waved aCGH: to smooth or not to smooth.
Leprêtre F, Villenet C, Quief S, Nibourel O, Jacquemin C, Troussard X, Jardin F, Gibson F, Kerckaert JP, Roumier C, Figeac M. Nucleic Acids Res. 2010 Apr;38(7):e94.

Asymmetric Distribution of Epidermal Growth Factor Receptor Directs the Fate of Normal and Cancer Keratinocytes in vitro.
Le Roy H, Zuliani T, Wolowczuk I, Faivre N, Jouy N, Masselot B, Kerckaert JP, Formstecher P, Polakowska RR.
Stem Cells Dev. 2009 Oct 2.


Evidence for various 20q status using allelotyping, CGH arrays, and quantitative PCR in distal CIN colon cancers.
Nicolet C, Guérin E, Neuville A, Kerckaert JP, Wicker N, Bergmann E, Brigand C, Kedinger M, Gaub MP, Guenot D.
Cancer Lett. 2009 Sep 18;282(2):195-204